馬耳他騎士團(tuán)與馬耳他共和國在今天是兩個沒有關(guān)系的政治實體。然而從名字上我們就能知道，二者在曆史上有關(guān)系。馬耳他騎士團(tuán)的全名是“耶路撒冷、羅得島及馬耳他聖約翰主權(quán)軍事醫(yī)院騎士團(tuán)”，簡稱“醫(yī)院騎士團(tuán)”或“馬耳他騎士團(tuán)”。這麼長的名字本身就是騎士團(tuán)曆史的濃縮。

　　馬耳他騎士團(tuán)的前身是著名的醫(yī)院騎士團(tuán)，它成立于 1099 年第一次十字軍東征之後。當(dāng)時法國貴族在耶路撒冷的施洗者聖約翰教堂附近的醫(yī)院裏成立，主要目的是照料傷患和朝聖者，並保護(hù)醫(yī)院設(shè)施，故而這個騎士團(tuán)被稱爲(wèi)“耶路撒冷聖約翰醫(yī)院騎士團(tuán)”。

　　1120 年，法國人雷蒙·杜·皮伊繼承首領(lǐng)位置，在他的帶領(lǐng)下醫(yī)院騎士團(tuán)逐漸從保護(hù)朝聖者的醫(yī)生、慈善修士轉(zhuǎn)變爲(wèi)騎士和職業(yè)軍人。同時，作爲(wèi)修會僧侶，醫(yī)院騎士團(tuán)遠(yuǎn)比普通十字軍士兵更安貧樂道、紀(jì)律嚴(yán)明、吃苦耐勞，戰(zhàn)鬥力更強(qiáng)。

　　很快騎士團(tuán)就成爲(wèi)耶路撒冷王國的重要軍事力量，甚至能夠影響王國的政局。這一時期醫(yī)院騎士團(tuán)與聖殿騎士團(tuán)、條頓騎士團(tuán)並稱三大騎士團(tuán)，在耶路撒冷王國擁有 7 座大要塞，140 多座其它建築。

　　隨後騎士團(tuán)一直堅持到 1291 年才放棄巴勒斯坦並前往塞普勒斯。他們獲得了塞普勒斯國王賜予的科洛西城堡及附近的甘蔗種植園和糖廠。

　　1309 年騎士團(tuán)從拜占庭帝國手中奪取了羅德島及周圍島嶼。此後騎士團(tuán)的名稱又加入羅德島。在這裏，騎士團(tuán)用海軍阻止了穆斯林向東地中海地區(qū)的擴(kuò)張。當(dāng) 1453 年君士坦丁堡落入土耳其人的手裏時，羅得島是整個東地中海地區(qū)唯一的基督教力量。

　　1798 年 6 月 11 日，出任法國埃及方面軍司令的拿破侖在進(jìn)軍埃及的途中取道馬耳他。在強(qiáng)勢的攻擊下醫(yī)院騎士團(tuán)投降，拿破侖占領(lǐng)馬耳他島。島上的修道院和教堂被法軍洗劫，騎士團(tuán)成員便四散開來，多數(shù)去往了俄國。俄國沙皇保羅一世承諾給予抵達(dá)俄國的騎士團(tuán)成員庇護(hù)，騎士團(tuán)則選舉保羅一世爲(wèi)新的騎士團(tuán)大團(tuán)長。

　　離開了馬耳他島之後，騎士團(tuán)就此失去了領(lǐng)土，但仍作爲(wèi)一個組織存在，1802 年，騎士團(tuán)對馬耳他島的主權(quán)通過《亞眠條約》(Treaty of Amiens)得到英法等國承認(rèn)，但從未被允許回到島上。1834 年，醫(yī)院騎士團(tuán)在羅馬重建總部，終于再次穩(wěn)定下來。這時騎士團(tuán)的軍事使命已經(jīng)完結(jié)，此後主要從事慈善事業(yè)。

　　自此，“馬耳他”只留在了騎士團(tuán)的名稱中，而騎士團(tuán)與馬耳他島已經(jīng)沒有實際關(guān)系。